其中，保宁府之事格外刺眼。恰在此时，江南官员的奏疏纷至沓来，洪承畴的上书更是言辞犀利：保宁府已形同独立王国，朱燮元徇私包庇，致使西南废弛，其心可诛。
崇祯帝览之大怒，拍案道：“朕以诚心待臣，竟有此等叛逆之事！”。
崇祯帝急召大臣入暖阁议事，询问众大臣该如何处理，但是朱燮元常驻西南，麾下亲信无数，商议良久都没有结果。
思索再三，崇祯帝传旨急召洪承畴进京，洪承畴预计十一月二十左右到达京城。
秦思源看完之后，轻轻的出了一口气，他终于明白朱燮元来这里的原因了，朱燮元很可能会被罢官！
而四川总兵官侯良柱等等这些都是他的老部下，他一旦罢官，这些部下肯定会受到牵连。
他这是来找后路来了，战争一旦开始，云贵川的官军都会被调动，而他又太清楚保宁府的实力了。
为了不让几省糜烂，这才迫不及待的走这一趟，首先去了重庆府见秦良玉，但是秦良玉应该是被洪承畴说动了。
没有办法之下，这才来了保宁府，在见过保宁府的情况后，更加不敢和保宁府对垒，这才有了前面欲言又止、模棱两可的态度。