久后，这个组织建成，并且成功预警了几次小规模的黑暗能量涌动。然而，一次意外发生了，预警系统突然全面瘫痪。鸣人亲自前往查看，发现是一种新型的干扰装置造成的。这背后似乎隐藏着一个更大的阴谋。
就在鸣人他们追查幕后黑手的时候，各地开始出现一些被控制心智的忍者伤人事件。鸣人意识到时间紧迫，必须尽快揪出幕后主谋。通过细致排查，他们锁定了一个偏僻岛屿。
当鸣人带领伙伴们登上岛屿时，一个神秘人出现，他声称人类无穷的欲望必然会滋生黑暗，他不过是加速这个进程。鸣人反驳他，表明人类的羁绊与勇气足以战胜任何黑暗。双方展开激战，鸣人他们最终打败神秘人，捣毁干扰装置，忍者世界再次回归平静。