突破了迷雾森林的利欧路、皮卡丘和大牙狸原本应该进入前往古泉镇的下一站蒸炎山脉，但是利欧路实在好奇那个神秘宝可梦，所以留下对劈成两半的百年老树。
老树裂开的部分足以容纳一个体型较瘦的宝可梦。
解决完索罗亚利欧路对老树中间裂开的部分进行了详细的检查，发现下面的土壤有松动的痕迹。
利欧路重新挖掘那部分土壤，什么也没法，利欧路仔细想想就算有什么东西也肯定被那神秘宝可梦挖走了。
“好了，我们不要去理会那个宝可梦了还是快点去古泉镇吧！”
“不行，调查这棵树的时候我一直觉得不舒服，虽然不清楚是不是因为这棵树或是那个神秘宝可梦，但是不弄清楚我不能安心上路。”
“其实我跟小路也有一样的感觉，就好像是小鳄、小球、小卡、小木他们在我面前遇难一样……”
“不要说这种不吉利的话啦！”
突然迷宫森林及周围的迷宫发生一场规模不小的地震。
“天啊！世界末日啊！”
地震结束后断成两半的百年老树突然闭合，然后树的影子方向出现一条隐藏道路。
“天啊！这……这是……还是不要进去好了。”
“不，说不定那个家伙就在这条隐藏道路通往的地点。”
利欧路很好奇那个神秘宝可梦究竟是何方神圣，思考三秒后决定……
“小丘你和大牙狸学长先走吧，我去会会那个家伙。”
“啊！”
说完利欧路马上走进隐藏道路一踏入就被一道光传送走了，皮卡丘和大牙狸不放心也跟着进入隐藏道路。
他们三个被传送到一座湖泊中央的一块陆地。
“天啊！”
接着比隐藏道路更令他们震惊的一幕映入他们的眼帘，一只全身包裹着布的宝可梦使用刀叶打倒了幻之宝可梦-被称为知识之神的由克希。
“你……你们……”
由克希指着皮卡丘和利欧路话没说完就失去了意识。
神秘宝可梦顺着由克希指的方向回头看见三个宝可梦瞬间愣住了，利欧路和皮卡丘也不知为何对这神秘宝可梦有一股莫名的熟悉感。
神秘宝可梦低着头以飞快的速度靠近三个宝可梦，当他们反应过来的时候已经受到攻击，瞬间就被秒杀。
神秘宝可梦攻击完便转身回去完成未完的事情，这次他的动作没有攻击时那么敏捷，攻击皮卡丘的时候触发了其特性-静电，身体陷入麻痹状态，行动变得迟缓，甚至有一小段时间无法动弹。
“集气弹！”
皮卡丘和利欧路利用复活之种的力量满血复活，但是复活之种的数量只剩两粒大牙狸就没有复活直接被徽章传送回训练营。
神秘宝可梦勉强移动身体躲过了攻击，只是身上包裹的布被擦掉一小块，那一小块缺口暴露出叶绿色的皮肤。
“失败了……”
利欧路的奇袭作战失败，他本来也不指望能打赢这个“强大的家伙”，但能打中一招出口气也好。
神秘宝可梦看到利欧路先是一咬牙，然后注意到皮卡丘没在利欧路的身边，他立刻反应过来，把视线移回到由克希身上。
皮卡丘趁神秘宝可梦的注意力被利欧路吸引过去的时候使用电光一闪移动到由克希身边，背起由克希。
皮卡丘看着神秘宝可梦，咽了口口水，克制住发抖的双腿，把一切赌在下一次行动上，赌赌他和利欧路能不能带着由克希离开，如果不是探险家徽章的力量对没入队的迷宫原住民不管用他们也不用这么辛苦，不管结果如何皮卡丘都不会后悔他的决定。
皮卡丘再次使用电光一闪，只要能通过神秘宝可梦的身边就可以和利欧路一起带着由克希逃离。
皮卡丘成功越过神秘宝可梦回到利欧路身边，两个宝可梦一刻不敢停留朝他们进来的入口原路返回。
现实却永远不会让他如愿，神秘宝可梦从麻痹中恢复，使用电光一闪同时击倒他们两个，这次的攻击神秘宝可梦手下留了情，利欧路和皮卡丘还留有一丝体力和意识。
神秘宝可梦重新夺回由克希后把一根手指头放在由克希额头上的红宝石从中抽取一股红色的能量。
“啊啊啊！！！”
原本已经失去意识的由克希被强烈的痛感逼得清醒，凄厉的惨叫声持续了一小段时间后，由克希再次失去意识。
抽取出来的能量化作一块赤色的晶体，神秘宝可梦将其收入囊中，接着轻轻地将由克希放下。
接着神秘宝可梦靠近皮卡丘和利欧路，他们两个现在也只有勉强能睁开眼睛的力气无力反抗，这是一只黑色的宝可梦出现挡在神秘宝可梦前面。
黑色宝可梦看了一眼由克希。
“我还是来晚了一步，今天我就将你正法。”