恐慌，争先恐后的要求离开南京，气急败坏的杨秀清下令紧闭城门，不许百姓离开。居民的恐慌很快蔓延到士兵中，南京城里的士兵也开始感到巨大的恐慌，士气大为低落。一些将领为了给自己留条后路，也开始秘密和杨一接触。杨一充分利用李秀成和陈玉成昔日在太平军中的影响，积极联络城中的将领。李秀成的兄弟李时贤，陈玉成在扬州的旧部叶芸等先后和新军取得联系。而困兽犹斗的杨秀清，整日在天王府里做着自己一统江山的白日梦，整日歌舞升平，过着日益糜烂的生活，丝毫没有察觉自己已经是众叛亲离。
腊月初十，在李时贤和叶芸等城内将领的配合下，南京北门被趁夜打开，新军一涌而入南京，在内应的配合下，城内的各个重要据点先后被占领，新军杀进天王府时，杨秀清依然在和他的嫔妃们喝酒作乐。等发现情况不对时，南京城已经彻底落入杨一的手里。杨秀清的亲信早被李时贤和叶芸的手下缴械后关押起来，是役新军病不血刃，轻取南京。至此，太平天国在江南的最后一个堡垒被攻克，杨秀清被押往北京凌迟处死。新军随即南下，安庆守将林启荣在陈玉成的召唤下献城投降，安徽，江苏，浙江三省全境，彻底的落如杨一的控制之中。