刘协也开始跟臣僚们忙碌起来，以重建巴西郡的统治秩序。
他派兵占据了各处要害城池，并让诸葛亮兼领巴西太守，全权负责巴西的政务。
诸葛亮开始着手解决民族矛盾问题。事实上，这一矛盾很容易就化解了，他安排那些求生困难的汉人百姓回迁汉中就可以了。官府手里还有不少土地，足够安排这些难民。
其实，有不少百姓被诸葛亮分流到武都和上庸，以充实这两个地方。
而对于当地的土着，诸葛亮采取了灵活的手段。对于那些不服管教、为祸一方的土着头领，诸葛亮予以坚决打击；而那些愿意服从的土着，诸葛亮把他们编入户籍，并帮助他们划定边界，传授他们耕种、纺织的技术。
诸葛亮和刘协在巴西迅速获得了声望，得到了当地土着的广泛拥护。
除了镇抚巴西百姓以外，诸葛亮还安排民夫整修米仓道，建立了官方的邮驿系统。
一切都在有条不紊地进行着。但因为巴西郡地域广大，这一过程注定不可能非常快速。
直到盛夏时节，诸葛亮才在巴西建立了运转良好的各级地方政府。巴西郡彻底纳入到了刘协的统治之下。