外政一时难以平息，皇太极便先着手处理内务。四大贝勒中除他与代善，其余二人皆是心有不服，处处给他添绊子。
天聪四年六月，皇太极利用二贝勒阿敏弃滦州、永平、迁安、遵化四城败归为口实，召集诸贝勒大臣会议，定阿敏罪状十六条，将阿敏送高墙禁锢，永不叙用，不久阿敏病死。
又在天聪五年八月时，因莽古尔泰对皇太极拔剑相向，皇太极便以此为由将莽古尔泰治罪，革去大贝勒名号，降为一般的贝勒，夺其五牛录的属员，罚银万两及马匹若干，莽古尔泰后因气愤暴卒。
至此，努尔哈赤分给四大贝勒的所有权利归属皇太极一人所有。
天聪九年，皇太极率兵平定察哈尔部，统一了漠南蒙古。
察哈尔部被攻下后，林丹汗的几位福晋都在思考着自己的去处。
多尔衮第一时间就向皇太极上奏，请求他将布木布泰赐给自己。
当初他本想先将布木布泰带回盛京，先斩后奏，到时候就算他额娘不同意也没办法，毕竟他把人都带回来了。
没想到布木布泰却不愿意，她说若是自己跟多尔衮去了盛京，谁来嫁给林丹汗？若是林丹汗一气之下又进攻科尔沁怎么办，那她岂不是成了科尔沁的罪人。
布木布泰这一番大义凛然的话让多尔衮对她心生敬佩，同时也加深了对她的爱慕。
所以哪怕人跟着皇太极一起回了盛京，心却留在了布木布泰的身上，这些年他后院中的妻妾，每个人身上多多少少都有点像布木布泰的地方。